Créée en 1971 par l'UEFA comme successeur de la Coupe des villes de foires, elle voit se confronter les équipes les mieux classées des différents championnats européens sauf les champions (qui participent à la Coupe d'Europe des clubs champions) et les vainqueurs de coupe nationale (qui s'affrontent dans la Coupe des coupes). Le nombre de représentants par pays varie entre un et quatre, selon le niveau du championnat du club engagé.

La compétition a d'abord pour format des confrontations aller-retour à élimination directe entre des équipes tirées au sort. Jusqu'en 1997, les finales étaient aussi sous un format aller-retour, dans les stades des deux finalistes. Depuis la saison 1997-1998, la finale se dispute en un match unique, sur terrain neutre, et le vainqueur a, depuis 2000 et la disparition de la Coupe d'Europe des vainqueurs de coupe de football (« C2 »), le privilège d'affronter le vainqueur de la Ligue des champions dans le cadre de la Supercoupe de l'UEFA. À partir de la saison 2009-2010, la compétition absorbe la coupe Intertoto et se transforme au profit de la Ligue Europa. Cette compétition offre des tours préliminaires étendus, une phase de groupes élargie à 48 équipes avec matchs aller et retour et une distribution des revenus plus répartie. Un ballon de match officiel ou encore un nouveau logo apparaissent.